Il percorso si articola in quattro sale che corrispondono ad altrettanti temi importanti per la storia del territorio di Villasimius.

• Sala del mare, luogo di scambio e testimone di culture differenti (VI secolo a.C. – VI secolo d.C.). Si propongono alcune ricostruzioni degli ambienti originari dei reperti, frutto di scavi e recuperi subacquei, oppure di giaciture dei ritrovamenti durante lo scavo. Le ambientazioni riguardano le navi fenicie e puniche ed i carichi delle imbarcazioni romane e di età vandalica.
• Sala del santuario di Is Cuccureddus, insediamento che rese vitali le coste di Villasimius dal periodo fenicio al tramonto dell’Impero Romano d’Occidente (VII secolo a.C. - V secolo d.C.). I materiali fenici riguardano gli ambienti del tempio destinati alla conservazione dei documenti, ma anche alla vita quotidiana degli abitanti del luogo sacro. Fra le testimonianze del periodo romano sono di grande importanza gli ex voto di terracotta che riproducono i volti delle divinità e, soprattutto, alcune parti anatomiche degli offerenti.
• Sala del territorio, documentato per ora soprattutto nelle sue fasi romane (II secolo a.C. – IV secolo d.C.). I siti interessati sono: la piana di Santa Maria con la sua villa ed il piccolo edificio termale; le due necropoli di Cruccuris ed Accu Is Traias (I-IV secolo d.C.).
• Sala del relitto dell’isola dei Cavoli (XV secolo d.C.), la nave che col il suo carico avrebbe dovuto dirigersi dalle baleari verso la Campania o la Sicilia. Dell’imbarcazione si espongono infatti alcune armi, tra cui tre degli almeno 17 cannoni trasportati e parte del carico degli azulejos, mattonelle dal caratteristico rivestimento in smalto azzurro che recano lo stemma della famiglia Beccadelli.