Il percorso museale si sviluppa nei due piani del convento e nel cortile centrale. La prima sezione dedicata all’arte del rame si articola in cinque sale espositive.

• Prima sala
Funge da biglietteria e spazio di accoglienza per il visitatore. Si accede alla collezione vera e propria passando da una sezione dedicata alla mineralogia, con campioni di minerali di rame. Procedendo si accede ad una sezione bibliografica con testi moderni sulla lavorazione del rame ed in particolare ad Isili e in Sardegna,  inoltre sono riprodotti testi antichi sulla metallurgia, tavole illustrate  e carte.

• Seconda sala 

È la sala più grande del convento, in origine usata come refettorio. All'interno contiene una sezione sui numerosi stadi di lavorazione dal pane di rame fino all’oggetto. Si prosegue con le forme e le decorazioni: qui gli oggetti sono sono esposti secondo le forme e danno un quadro completo della produzione delle botteghe isilesi. Sono rappresentate, poi, attraverso gli oggetti nella ricchezza di disegni utilizzati, le principali tecniche decorative: vari tipi di martellatura, sbalzo, cesello e altre tecniche. Infine si può vedere una sezione dedicata alla vita agro pastorale ed al corredo domestico che illustrano i contesti d’uso degli oggetti di rame.

• Terza sala

Contiene una sezione sulla vita collettiva, alambicchi per la distillazione dell’acquavite, stampi per dolci e altri oggetti. In questa sala compaiono, anche, alcuni strumenti di lavoro di piccole dimensioni. Proseguendo si accede ad una sala video (capienza 20 persone circa) dove si proiettano filmati sulla lavorazione del rame e del tessuto o, a richiesta, su aspetti importanti del territorio, quali il nuraghe Is Paras o la storia del territorio isilese e della sua archeologia.
Per accedere alla sala successiva si passa per un cortile interno su cui si affaccia la bottega del ramaio ove è stato ricostruito l’ambiente lavorativo dei mastri ramai. L’ambiente è un piccolo vano ricostruito molto fedelmente e ospita: la fucina, il mantice, i numerosi tipi di incudini verticali e tutti gli attrezzi di questo mestiere. Qui gli ultimi ramai, ogni tanto, danno dimostrazione della propria arte ai visitatori.
Dal cortile si accede al vano scala, qui si trova il Carretto dei rivenditori, si tratta di un carretto per cavalli, coperto da una stuoia di canne intrecciate, carico di rame nuovo e vecchio, bilancia per la pesatura della merce e giaciglio per il rivenditore. Il carretto era, al contempo, casa, bottega e mezzo di trasporto per viaggi che duravano anche mesi e raggiungevano ogni angolo della Sardegna.

Da qui si prosegue la visita verso la sezione dedicata all’arte del tessuto, al piano superiore. Nel corridoio, voltato a botte, il discorso espositivo è introdotto da pannelli esplicativi sulla simbologia nella tessitura isilese, sui motivi decorativi, sul telaio e le tecniche di tessitura, sui colori e le materie prime utilizzate.

• Sale prima, seconda, terza, quarta e quinta
Sono esposti 26 dei 30 arazzi realizzati da tessitrici locali seguendo il piano progettuale di Piero Zedde. Riprendendo la simbologia tradizionale del luogo sono stati impiegati, però, oltre che lana sarda, cotone e lino, materiali innovativi rispetto al passato come fili di rame, oro, argento, canapa e altro ancora. Con immagini, manufatti e pannelli espositivi, il museo descrive le fasi preliminari alla tessitura, gli strumenti di lavoro, la storia della tessitura in Sardegna, le tecniche di colorazione della lana, le caratteristiche componenti del telaio, la simbologia dei manufatti.