La collezione raccoglie sculture, dipinti e arredi provenienti dalla Chiesa dell’Arciconfraternita, distrutta durante i bombardamenti del 1943. I dipinti sono difficilmente inseribili sotto un'unica definizione stilistica o di area culturale; questa estrema varietà è dovuta al fatto che i ricchi mercanti e finanzieri, costantemente alla guida dell'Arciconfraternita, erano collegati in reti di traffici con le piazze più importanti del Mediterraneo, dove fiorivano altre comunità di conterranei. Accadeva che opere di artisti giungessero da Napoli e forse anche dalla Sicilia, oltre che ovviamente dalla Liguria. Non mancano, inoltre, dipinti di botteghe romane, presenti in buon numero insieme alle opere di artisti genovesi e napoletani.

Alla produzione locale ci si rivolse, invece, nel settimo e ottavo decennio del Cinquecento per la realizzazione del retablo di cui faceva parte la tavola della Crocifissione, forse ad ornamento della cappella posseduta dai genovesi nella Chiesa di Santa Maria di Gesù. La tavola con la Madonna del Carmine apparteneva verosimilmente ad un altro retablo, che sostituì il primo, quando l'Arciconfraternita si trasferì nella chiesa nazionale edificata nella costa (l'attuale Via Manno). Ancora si possono citare la Madonna della città, dipinto ascrivibile all'ambito di Domenico Fiasella, detto il Sarzana, e la Madonna con il Bambino e i Santi Giorgio e Caterina di Giovanni Andrea de' Ferrari.
Recenti sono le acquisizioni di un Seppellimento di Santa Caterina di pittore genovese vicino ad Andrea Ansaldo, di una Salomè con la testa del Battista, copia di notevole qualità di un dipinto di Bernardino Luini (oggi agli Uffizi), e di un Cristo deposto attribuibile al poco noto periodo giovanile di Gioacchino Assereto.

Il museo possiede, inoltre, un'interessante collezione di suppellettili e arredi sacri in argento che illustrano il corredo dell'Oratorio dei Santi Giorgio e Caterina a partire dalla sua fondazione; tra questi è presente una croce professionale con il caratteristico "marchio a torretta" della Corporazione degli Orefici e Argentieri di Genova. L'opera, di gusto tardo-rinascimentale, si deve ad un abile argentiere attivo all'inizio del XVII secolo, identificato dal punzone personale con le iniziali MM. La più importante opera scultorea è la cassa professionale che raffigura il Martirio di Santa Caterina di Giuseppe Anffosso. I tessuti, di proprietà dell’Arciconfraternita, sono riferibili all’ambito ecclesiale e costituiscono un’importante pagina della storia dei genovesi in città; infatti, le datazioni oscillano tra il XVII e la prima metà del XX secolo.